Прежде всего программа анализирует диск собирая полную информацию о файлах и свободном пространстве.
Затем, в зависимости от выбранного действия, программа либо дефрагментирует диск, либо выполняет его оптимизацию.

• Дефрагментация устраняет небольшие фрагменты, соединяя их вместе.
  
• Полная оптимизация перемещает все маленькие файлы и фрагменты в конце диска, чтобы освободить некоторое пространство в начале, затем перемещает обратно, соединив и отсортировав по пользовательским критериям, чтобы ускорить доступ к группам небольших файлов. По умолчанию файлы сортируются по пути в порядке возрастания. Кроме того оптимизируются FAT каталоги и NTFS таблицы, более компактным размещением.
  
• Быстрая оптимизация делает все так же, но пропускает пермещение файлов.

Все алгоритмы доступны либо с традиционного графического интерфейса, либо через интерфейс командной строки (консоли), подходит для пакетных сценариев и запланированных задач. Кроме того существует boot time режим, который помогает дефрагментировать при загрузки системы те файлы которые заблокированы в остальное время.

UltraDefrag не рассчитывает пустые файлы, потому что у них нет фрагментов. То же самое касается и небольших файлов внутри MFT записей. Как правило, они меньше, чем 1 КБ и не занимают кластеры за пределами таблицы, таким образом не фрагментированы. Тем не менее, когда вы щелкните правой кнопкой мыши эти файлы в контекстном меню Windows Explorer и выберите Выполнить дефрагментацию с UltraDefrag они будут учитываться, чтобы избежать двусмысленности.
Дополнительная обработка файлов исключенных из дефрагментации. Файлы помеченные операционной системой как временные всегда исключаются, другие могут быть исключены по пути, размеру или числу фрагментов, используя фильтры. Программа не обрабатывает эти файлы, даже если они на самом деле фрагментированы.
Для более высокой производительности, как правило, это имеет смысл, чтобы исключить не только временные файлы, но также крупные фрагменты. Например, когда вы смотрите фильм windows нужно всего пару миллисекунд, чтобы перейти от одного большого фрагмента к другому, в то время как общее время просмотра около 2 часов. Таким образом, вы никогда не будете страдать от больших фрагментов файлов.
Принимая во внимание все выше сказанное уровень фрагментации диска вычисляется следующим образом:
Уровень фрагментации = количество фрагментов нуждающихся в ликвидации / общее количество фрагментов.

При запуске программа по умолчанию проверяет наличие новых версий на сайте, если вам это не нужно установите в файле настроек options.lua значение disable_latest_version_check = 1.
При редактировании файла настроек с использованием символов Unicode сохраняйте файл в UTF-8 (без BOM) кодировке.
Не редактируйте текущий файл настроек при запущенной программе.

Портативные версии предоставлены разработчиком, не требуют установки, могут работать с USB.
В портативных версиях не доступен модуль boot time дефрагментации.